Bekövetkeztek a jóslatok, a filmekben látott elméletek valóra váltak. A világot nagyméretű járványok fenyegetik, amik előbb vagy utóbb az emberiség teljes pusztulásához vezetnek, ha nem sikerül időben megfékezni őket.

A Pandemic-ben egy járványelhárító specialista csapat tagjai vagytok. Célotok, hogy közös erővel megtaláljátok a pusztító vírusok ellenszereit és meggátoljátok a globális pusztítást. Nincs vesztegetni való idő, ha nem sikerül időben megfékezni a járványokat a szemetek előtt fog összeomlani az egész világ. 

A Pandemic egy folytonos hajsza az idővel, egy szűnni nem akaró küzdelem, amely során szükség lesz a tökéletes csapatmunkára. Minden játékos körében legfeljebb 4 akciót hajthat végre, utazhat a városok között, földön, vizen, levegőben, megoszthatja tudását, vagyis kártyáit más játékosokkal, kutatóállomást építhet, végül de nem utolsó sorban pedig kifejlesztheti egy vírus ellenszerét, ha megfelelő tudással rendelkezik hozzá. A játékosok specialisták bőrébe bújva különleges, csak rájuk jellemző akciókat is végrehajthatnak, pl. a mikrobiológus a társaival ellentétben kevesebb leletből is képes kifejleszteni az ellenszert, az orvos gyorsabban tudja kezelni a betegségeket a helyszíneken, a karaténspecialista képes védett övezeteket létrehozni stb. Ahogy a játék egyre inkább halad előre úgy fog a helyzet folyamatosan súlyosbodni a járványkártyák megjelenésével. Amikor egy járványkártya előkerül a pakliból a vírusok terjedése megduplázódik, akár megtriplázódik, így a játékosok nem késlekedhetnek, minél előbb a legjobb tudásuk szerint kell cselekedjenek. 

Mivel nem csak a filmekben, de a valóságban is nagyon nehéz dolguk van a járványelhárító csapatok tagjainak, ezért a Pandemic-ben is csak úgy nyerhetnek a játékosok, hogyha sikerül időben kifejleszteni mind a 4 betegség ellenszerét, mielőtt a járvány elérné a kritikus szintet, vagy elfogyna az összes felhasználható kártya.